Die Altäre und die barocke Einrichtung haben im Krieg große Schäden davon getragen. Viele Teile waren nicht mehr vollständig.Ende März 1945 als die ersten Stockheimer aus der Evakuierung zurück kamen, haben dann diese die sakrale Ausstattung provisorisch gesichert. Der Barockaltar befand sich noch von 1945 bis 1952 unter einem provisorischen Regenschutz in der alten Kirche. Danach sind die Altäre beim Bauernhof Milz und die Kommunionbank beim Bauernhof Ostrop gelagert worden. Stockheimer Landwirte haben dann die alter Kirche entschuttet. Die barocken Ausstattungsstücke aus der alten Pfarrkirche waren für den eigenen Bedarf nicht mehr nutzbar und die Restaurierungskosten wären viel zu hoch. Es wurde beschlossen, diese an sich wertvollen Stücke, 3 Barockaltäre (Mittel und 2 Seitenaltäre), 1 Kanzel, 1 Kommunionbank und 1 komplette Brüstung der Orgelbühne zu verkaufen.Die Erzdiözese Köln sucht für die Barockkirche in Weilerswist alte Altäre und die Pfarrgemeinde Weilerswist hat 1.500 Euro dafür angeboten. Dieses Angebot wurde angenommen und in den Fonds für den Wiederaufbau eingezahlt. Das erworbene Geld wurde für den Wiederaufbau der heutigen alten Kirche als Jugendheim verwendet. Laut Aussage einer Person aus Weilerswist stehen derzeit (Stand 2016) in der Kirche St. Mauritius nur die Seitenaltäre und der Hauptaltar aus der Stockheimer Kirche. Bei der Kommunionbank könnten evt. nur Teilstücke aus der Stockheimer Kirche stammen. Wo die Kanzel und die Orgelbühne geblieben sind ist unbekannt.